Secţia de Ştiinţele Naturii din cadrul Muzeului Municipal Mediaş a fost înfiinţată în anul 1961 şi are la bază colecţii formate şi donate de personalităţi ale oraşului, la începutul secolului al XIX-lea.
Prima colecţie donată de medicul Daniel Gotlieb Scheindt, în anul 1835, a fost cea de roci şi minerale. Interesul localnicilor pentru ştiinţele naturii s-a manifestat apoi în anul 1843 prin iniţiativa dascălului Andreas Gräser de a înfiinţa un Cabinet de ştiinţele naturii. Primele colecţii au fost destinate, în principal elevilor gimnaziului local, făcând parte din Museum Alt-Mediasch, care funcţiona pe lângă liceul german.
Îmbogăţirea patrimoniului muzeal s-a făcut pe baza unor achiziţii, donaţii dar şi în urma cercetărilor de teren efectuate de specialişti ai muzeului. Astfel, în prezent inventarul secţiei cuprinde un număr de 4066 de bunuri culturale, aparţinând următoarelor diviziuni patrimoniale: mineralogie, petrografie, paleontologie, botanică, entomologie, ornitologie, ihtyologie.
Datorită spaţiului restrâns de care dispune muzeul, valorificarea expoziţională a patrimoniului secţiei se face prin intermediul expoziţiilor temporare.